Sinopsis: Tras la derrota de su vieja y maliciosa némesis, Shredder, las Tortugas han crecido separadas como una familia. Luchando para seguir unidas, su rata sensei, Master Splinter, se preocupa cuando extraños eventos comienzan a ocurrir en Nueva York. El científico Max Winters está creando un ejército de monstruos de otros tiempos para, aparentemente, adueñarse del mundo. Y tan sólo el equipo de lucha de las super-ninja puede pararlos-aquellos héroes de medio caparazón- ¡Leonardo, Michelangelo, Donatello y Raphael! Con la ayuda de sus viejos aliados April O\"Neil y Casey Jones, las Tortugas vuelven para la lucha de sus vidas, ya que una vez más deberán enfrentarse al misterioso Clan del Pie, que usa sus destrezas ninja contra el esfuerzo de Winters. Tras la derrota de su viejo archienemigo Shredder, las Tortugas se han distanciado las unas de las otras. Su sensei, la rata Splinter, lucha para mantenerlos juntos y se inquieta cuando extraños sucesos empiezan a fraguarse en Nueva York. El magnate de la industria tecnológica Maximillian J. Winters está levantando un ejército de viejos monstruos, y sólo un grupo de superninjas podrá detenerlos: Leonardo, Michelangelo, Donatello y Raphael. Con la ayuda de sus viejos aliados April O´Neil y Casey Jones, las Tortugas se preparan para la pelea de sus vidas, ya que tienen que enfrentarse una vez más al misteriorso Foot Clan, que ha puesto sus habilidades ninja al servicio de Winters. Para conseguir que esta nueva versión de las Tortugas Ninja esté a la última en tecnología, la película fue creada enteramente con animación generada por ordenador de última generación, lo que le da a las Tortugas una apariencia nueva para el siglo XXI.